O nome que deu origem ao Município de Lagoa Bonita foi a existência de uma Lagoa chamada Lagoa da Raia. Nesta, havia uma cancha de carreira a qual iniciava dentro da lagoa em época de seca. Em 1928 a localidade de Lagoa da Raia passou a ser denominada de Lagoa Bonita. Em 1991, Lagoa Bonita era distrito de Sobradinho e por apresentar condições favoráveis de desenvolvimento cria sua primeira Comissão Emancipacionista que não teve êxito.

Mais tarde, em 1995, outra Comissão de Emancipação foi criada e conseguiu atingir seu objetivo, criar o Município de LAGOA BONITA DO SUL.

O Município de Lagoa Bonita do Sul foi emancipado do Município de Sobradinho em 16 de abril de 1996 através da Lei Estadual nº 10.758, promulgada pelo Presidente da Assembleia Legislativa do Estado do Rio Grande do Sul, Deputado José Otávio Germano. O Governador da época Antônio Britto recorreu posicionando-se contrário à emancipação e o processo Emancipatório ficou tramitando no TSE. Em 1º de outubro de 2000, após muito trabalho da Comissão de Emancipação e apoio da Comunidade foi autorizada a acontecer as primeiras Eleições Municipais.